Университет предоставляет образовательные услуги вузовского и послевузовского образования согласно Государственным общеобязательным стандартам образования Республики Казахстан. Подготовка специалистов проводится по трехступенчатой системе «бакалавр-магистр-доктор PhD», в соответствии с Законом РК «Об образовании», Болонской декларацией и другими международными документами в сфере образования. С 2004 года университет приступил к реализации кредитной технологии обучения, обеспечивающей студентам выбор индивидуальной образовательной траектории и преподавателей.

Университет осуществляет подготовку специалистов по специальностям бакалавриата, магистратур и докторантуры PhD. А также ведется обучение по дистанционным образовательным технологиям.

С целью формирования профессиональной компетентности будущих специалистов, в соответствии с Дублинскими дескрипторами, квалификационными рамками уровней образования, и потребностями рынка труда в университете реализуются модульные образовательные программы, отличительной особенностью которых является возможность построения индивидуальной образовательной траектории, учета личностных потребностей и возможностей обучающихся.

Особое внимание уделяется проблемам подготовки кадров на государственном языке, освоению иностранных языков обучающимися и ППС. Ежегодно в целях развития полиязычного образования и формирования лингвистической компетенции организуются бесплатные курсы по дополнительному изучению английского и казахского языков для ППС и студентов. В течение четырех лет в режиме эксперимента осуществляется подготовка обучающихся на трех языках: казахский, русский, английский.

В целях стимулирования мотивации к обучению университетом для обучающихся ежегодно выделяются гранты имени академика Манаша Козыбаева и ректора университета.

Для формирования профессиональных навыков в условиях современного производства все виды практик студентов организуются на основе договоров с предприятиями, организациями и учреждениями области. Подбор корпоративных партнеров осуществляется в соответствии со специализацией практикантов. В качестве баз практик используются также лаборатории. Учебные практики проводятся на базе учебно-производственного оздоровительного комплекс «Мирас» и загородной агробиостанции (АБС), где имеются специальные полигоны.

В вузе формируется новая модель университета, в которой гармонично сочетаются традиционное образование с новыми формами и методами обучения, в том числе с информационными технологиями, опирающимися на использование автоматизированных обучающих систем, учебно-исследовательских систем автоматизированного проектирования и регулирования (САПР), автоматизированных систем анализа и проектирования.

В университете внедрен информационно-аналитический комплекс управления вузом «Электронный ректорат», являющийся одной из передовых разработок в области информатизации образования и реализующий в комплексе все основные составляющие управления образовательным процессом. С целью повышения качества предоставления образовательных услуг и эффективности виртуального обучения в СКГУ им. М.Козыбаева с 2004 года функционирует и развивается интерфейсная надстройка информационно-образовательной среды вуза – образовательный портал. Внедрена система управления дистанционным обучением e-Learning NKZU.

В 2013 году вуз прошел международную аккредитацию трех специальностей в немецком агентстве ASIIN: 5B071800 Электроэнергетика, 6M071800 Электроэнергетика, 5B071600 Приборостроение. В этом же агентстве в феврале 2015 года прошли процедуру аккредитации пять специальностей: 5В071900 Радиотехника, электроника и телекоммуникации, 6М071900 Радиотехника, электроника и телекоммуникации, 5В070300 Информационные системы, 6М070300 Информационные системы, 5B011100 Информатика. Выпускники данных специальностей получают приложения к диплому европейского образца со знаком качества «EUR-ACE® Бакалавр» и «EUR-ACE® Магистр». Этот знак выдается как подтверждение соответствия программ общеевропейским требованиям.

В 2014-2015 годах вуз получил институциональную аккредитацию и аккредитацию 53 специальностей в Независимом агентстве аккредитации и рейтинга.

В 2013 году международная рейтинговая компания QS World проводила пилотное исследование вузов Казахстана. По итогам этого рейтинга университет вошел в пятерку лучших вузов Казахстана по направлению подготовки «Инженерия и технология».

Важным направлением работы университета стало налаживание и развитие академической мобильности обучающихся. Создана база данных специальностей бакалавриата, магистратуры и докторантуры вузов-партнеров СКГУ им. М.Козыбаева, а также база данных республиканских и международных стипендиальных программ для обучающихся, ППС и сотрудников университета.

Научная библиотека университета – одна из крупнейших вузовских библиотек Казахстана. Фонд библиотечного комплекса насчитывает свыше 1100000 экземпляров. Структура представляет собой собрание отечественных и зарубежных изданий учебной, научной, художественной литературы, аудиовизуальных и электронных документов. Из общего числа фонда библиотеки более 130 тысяч экземпляров литературы представлены на казахском языке. Ежегодно библиотекой осуществляется подписка большого количества наименований зарубежных и отечественных периодических изданий, являющихся главными источниками оперативной информации. Библиотечный комплекс включает 7 абонементов и 9 читальных залов, зал каталогов, отдел редкой литературы, где собраны уникальные собрания редких книг XVIII-XX вв., насчитывающий свыше 4-х тысяч изданий.

Университет обладает развитой материально-технической базой и современной инфраструктурой, обеспечивающей эффективное сопровождение учебного процесса и комфортные условия работы, обучения и проживания.

На балансе университета имеется 9 учебных корпусов, обсерватория, плавательный бассейн, 4 общежития, агробиологическая станция, учебно-производственный комплекс «Мирас», музейный комплекс, интернет-кафе и другие объекты, обеспечивающие проведение учебно-воспитательного процесса.